裴剑锋、来鲁华课题组开展蛋白质结合口袋勘探
来源:文化活动网 发表于2019-07-24 11:45:02 编辑:邓肯
摘要: 蛋白质三维结构数据是根据结构药物规划的根底,但是在得到结构生物学家解析的特定蛋白质三维结构之后,药物规划和研制人员依然面对许多问题需求处

 

裴剑锋、来鲁华课题组开展蛋白质结合口袋勘探与性质猜测归纳在线核算渠道CavityPlus

 

裴剑锋、来鲁华课题组开展蛋白质结合口袋勘探与性质猜测归纳在线核算渠道CavityPlus

 

蛋白质三维结构数据是根据结构药物规划的根底,但是在得到结构生物学家解析的特定蛋白质三维结构之后,药物规划和研制人员依然面对许多问题需求处理:该蛋白质是好的可药靶标吗?蛋白上的哪些位点能够进行成功的药物规划?哪些位点是好的别构调控位点?哪些位点是好的共价化合物结合位点?研讨勘探蛋白质外表的结合口袋,并进行可药性、别构位点及共价化合物规划位点猜测,关于蛋白质功用猜测、药物靶标挑选和药物规划具有重要的含义。

北京大学前沿交叉学科研讨院定量生物学中心生物分子规划团队裴剑锋课题组整合该团队近年来在蛋白质口袋勘探及性质猜测范畴开展的新办法,开展了开放式图形在线核算服务渠道CavityPlus,用于准确勘探蛋白质外表的结合口袋,一起核算结合口袋的多种性质(http://repharma.pku.edu.cn/cavityplus或http://www.pkumdl.cn/cavityplus)。关于用户输入的蛋白质三维结构信息,该渠道中的Cavity模块(Curr. Pharm. Des. 2019, 19:2326)能够猜测出潜在的药物结合口袋。与其他同类办法比较,Cavity模块不只核算精度高,并且能够对口袋进行可药性(druggability)和配体亲和性(ligandability)打分,然后准确辅导后续的药物规划研讨。渠道中整合的CavPharmer模块 (J. Chem. Inform. Model. 2006,46:2684; Curr. Pharm. Des. 2019,20:1192 ) 能够提取出口袋的药效团特征模型,用于根据药效团的药物规划研讨;CorrSite模块(J. Chem. Inform. Model. 2019,56:1725)运用蛋白质运动相关性剖析进行蛋白质别构位点猜测,用于别构药物规划研讨; CovCys模块(J. Chem. Inform. Model. 2019,57:1453)则能够猜测蛋白质中合适进行共价药物规划的半胱氨酸位点,用于辅导共价药物规划研讨。这些模块运用了最新机器学习和人工智能等技能,所对应的核算办法和程序已经在药物规划范畴得到广泛应用。

CavityPlus运用流程示意图

 

CavityPlus是榜首个蛋白质结合口袋勘探与性质猜测归纳在线核算渠道,能够用于药物规划和药物发现研讨的多个方面,该作业2019年7月2日正式宣布在《核酸研讨》杂志上 (“CavityPlus: a web server for protein cavity detection with pharmacophore modelling, allosteric site identification and covalent ligand binding ability prediction”, Nucleic Acids Research, 2019,46: W374–W379)。因为该渠道所用核算办法的立异性和核算结果的系统性、服务器运转的可靠性和易用性等特色,论文遭到用户的好评和引荐,从5月10日论文在线宣布以来,每天都有多个来自世界各地的用户在渠道上提交在线核算使命。

 

 

北京大学前沿交叉学科研讨院定量生物学中心博士研讨生徐优俊和PTN项目博士研讨生王世伟为该作业的一起榜首作者。北京大学前沿交叉学科研讨院定量生物学中心裴剑锋与化学与分子工程学院/前沿交叉学科研讨院定量生物学中心来鲁华为一起通讯作者。该作业得到了国家重点研制方案项目和国家自然科学基金的赞助。

修改:白杨

 

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